W Poznaniu jako pierwsi z franciszkanów osiedlili się w 1456 r. bernardyni. W roku 1644 założonono w Poznaniu klasztor franciszkanów konwentualnych, co doprowadziło do konfliktu pomiędzy obu gałęziami zakonu. Bernardyni uważali, że realizują idee św. Franciszka dostatecznie dobrze, a zatem nowy klasztor franciszkański nie jest w mieście potrzebny. Podobnego zdania były inne miejskie zgromadzenia zakonne, jednak głównym powodem sporów była zapewne niechęć do wpuszczenia na swój teren konkurencji. Szwedzi w czasie potopu pogodzili obydwa odłamy, niszcząc siedzibę tak jednych, jak i drugich - franciszkanie na krótki czas przenieśli się do Krakowa. Po potopie franciszkanie konwentualni uzyskali siedzibę w Miasteczku, przy podupadającym kościele św. Rocha. Obydwa odłamy rozpoczęły starania o wybudowanie siedziby wewnątrz murów, co doprowadziło do kolejnego konfliktu pomiędzy braćmi; głównym przedmiotem sporu było to, kto ma prowadzić w Poznaniu szeroko wówczas ropowszechniony kult Matki Boskiej Loretańskiej - zgodę papieską miały obydwa zgromadzenia. We wznoszonych jednocześnie kościołach na Rynku Bernardyńskim i przy ul. Franciszkańskiej zaprojektowano w tylnych częściach nawy budowę Domku Loretańskiego. Wyścig z czasem wygrali bernardyni. W późniejszym czasie do Poznania dotarł też franciszkański zakon reformatów. Ze zgromadzeń kobiecych pierwsze były bernardynki.